＞抵当権者とは親戚に貸している金融機関の事ですね？
そうです。
＞その金融機関に、誰が、何故、抹消の請求をするのでしょうか？
誰が＝当該不動産所有者 何故＝無意味だから（ジャマだから）
＞単なる不整合を解消するためでしょうか、
それもあります。
＞それとも誰かの利益または不利益になるのでしょうか？
実体と付合していないので・・・抹消します。（取引を継続するなら、残しておいて、その根抵当の極度額まで利用できますが・・・。これは当事者の任意です。）
＞ また、共同担保の残りが「カラの抵当権」というのはどういうことなのでしょうか？
被担保債権（借入金）のない抵当権です。