＞契約書の貸主の記載ではどちらが優先されるべきものなのか、ということが問題になっているようです。
優先とか劣後とか云う問題ではなく契約した相手が貸主です。所有者と貸主が違っていても一向に差し支えありません。問題があるとすれば所有者と貸主との関係であって御社とは関係ありません。
＞ 水道光熱費を家主さんに払っていた場合、家主さん、債務者、債権者の間で話し合いがつかないケースは、通常どのような処理をされているのでしょうか。
問題となっているものは「家賃」であって、それ以外は対象ではないのではないでしようか、従来それらを加算していたとしても今回分けて考えてよいと思います。電気は電力会社、水道は水道会社と云うように支払い、その額を差し引き供託してはいかがでしよう。