＞ 仮に建物所有者には賃借権が無いと判断（判決）された場合でも、転貸人の主張は土地買受人に対抗しうるものなのでしょうか？
建物を賃借している者は、その建物の所有者との関係で正当であることは勿論のこと、建物所有者と土地所有者との間においても正当である必要があります。従って、建物所有者が土地所有者から建物収去の判決があれば建物から退去しなければなりません。
＞ 変な質問ですが、競売物件を落札して、賃借権のないものが実際には存在していたケースっていうのはあることなのですか？
あります。競売手続きは民事執行法の規定で進められますが、その裁判の形式は「決定」でされています。決定は「判決」ではありませんので、決定で「イエス」でも判決で「ノー」の場合もあります。判決の確定が最終結論です。
＞ また、そういう事実が後に発覚したとしても、買受人の自己責任でどうしようもないことになてしまうのでしょうか？
そうです。全ての責任は買受人にあります。
くまさんのご質問は、例えば、ＡとＢの２つの土地が競売となり、そのＡＢ土地上に件外建物があって建物は賃貸ししている状態で、土地の買受人は建物の収去や建物賃借人を引っ越さすことができるかどうかの質問のようです。これの最終判断は抵当権設定当時に建物が存在していたかどうかによります。契約時期や保存登記に関係なく（この点、対抗力の問題で保存登記が要件ですが同一人物やその他で絶対的ではありません。）Ａの抵当権者やＢの抵当権者が融資する際、その土地はどう云う状態であったかに尽きます。
最近では特に物件明細書の作成には慎重を期しているようですが最終結論は口頭弁論を得た判決の確定を見なければなりません。