拝読していますと、ずいぶんひどいですね。
分譲マンションの場合、専有部分と共用部分があって専有部分は区分所有者が、共用部分は管理組合が、それぞれ管理することになっていますが、実際問題として、特に、ライフラインなど煩雑になっており法律的に明確でも現場であきらかでない場合があり責任の所在が明確でないことも事実です。
今回の場合も、家主の責任か管理組合の責任かと云うことになりますが、いづれにしてもＹさんは賃借していますから家主に請求（きれいな水が出るように）できます。一定期間（例えば、１週間）以内に正常にするよう請求し、もし、そうでなければ損害賠償請求できます。それに応じないなら賃料と相殺します。それらは結局「水道代として家賃値下げの交渉をすることは不当でしょうか。」と云う問いの答えになります。要するに、順序立てて交渉すればいいと思います。
なお、今回のように、よくわからない場合の解決も、家主は管理組合に、管理組合は理事会又は総会の決議で決めます。