＞ 当社はよく借家するのに建設協力金を地主に預託して建物を建ててもらい賃借しています。近年の景気のなか、地主の倒産も少なくないと思いますが、この預託している（これから預託する）建設協力金の保全の方法は無いものかと日々悩んでおります。
私は「建設協力金」について実務の経験がないので、その法的性質がどのようなお金かわかりません。
しかし、文面から推測して後で戻してもらうことができるお金のようです。その「後で戻して貰うためにする保全方法」は通常の敷金や保証金と同様困難ではないでしようか。
＞ 一応、素人考えでいくつか対策を考えてみましたので、アドバイスをいただけたらと思います。
＞ @貸主に保証人をたててもらい、建設協力金のリスクを保全する。
貸し主が承諾すれば可能でしようが、現実的にはどうでしようか。むつかしいかも知れません。
＞ A間にリース会社を入れて、建設協力金の発生をなくす（賃料がかなり高くなるでしょうが、、。）
これも前項と同様、貸し主やリース会社の協力や承諾が必要です。
＞ B協力金に権利（先取特権・質権）を設定してみてはどうか？先取特権・質権の意味をほとんど理解していませんが、、。
先取特権は法律であらかじめ決められており当事者で契約によって設定などすることはできません。質権は契約によって効力がありますが、もともと質権の性質上無理ではないでしようか。質権は担保物を債権者に預けておくものですから、お金を支払わないことと同じになって法律上又は実務上そぐわないと思います。
＞ なお、定期借地（事業用含む）・定期借家契約は、競売で取得した所有者に対抗できますか？（抵当権の設定前・後の違いはあるか）
通常の借地権であっても定期借地権であっても抵当権との権利はかわりません。つまり、土地は賃借した日から５年間だけ抵当権者に対抗するとができ、それ以降は対抗することはできません。賃借するとき抵当権が設定されていなければ結構ですがそうでなければ無権限となります。