＞ 同じような例として、「賃料不払いによる契約解除したうえで明渡を求めてはいかがでしよう。」と回答されておられますが、その時に営業権（内装費）というものを考慮する必要があるのでしょうか。
借地借家法では事業用としての借地は特別に扱っていますが借家の場合は営業用建物と居住用の建物との違いはありません。従って、賃料不払いを理由として契約解除したうえで明渡を求めればいいと思います。
ただし、内装費に問題があるかも知れません。契約書に「借り主が本件建物を明け渡すときは如何なる名目といえども内装費等にようした費用は請求しない」などと云う条項があれば支払う必要はありませんが、「有益費として支払った」など云い、それらの費用を支払うまでは明渡しない、など云われる場合があります。これは民法上の規定で、これを解決するには個々の現状によって法律上どんな費用か見極める必要があります。
＞ 敷金をさっ引いても約１年分の未払となります。
＞ 営業権は無視し、未払分は泣き寝入りをしても出ていってくれた方が良し、と考えた方がよいのでしょうか。
未払い賃料の支払いと明渡請求も同時に手続きしてはどうでしよう。勝訴判決で明渡の強制執行する場合、動産類の差押も同時にすれば明渡断行が非常に楽でお金も安くつきます。
＞ 泣き寝入りの場合は、不動産収入として計上しているので損金として処理できます。
＞ 差額を営業権として見るならば売買が絡んできますが、実例をお教え下さい。
私はその実務経験がないのでわかりませんが、もともと、賃貸借契約が正当に解除されておれば営業権はゼロですから売買とはならないと思います。（営業権と云う法律用語は無く、一般的に云う営業権は賃借権などを云っています。ですから、賃借権がなければ営業権もありません。）
＞ ちなみに、未払は約２年に及び、敷金の約２倍になっています。
＞ 少しずつ後払いとなり、２年前までは年の終わりに何とか１年分をまとめて払ってくれていたのですが、昨年末未払いのまま今日に至っています。
＞ 定期的な催促は行っています。
＞ 内容証明の契約解除を検討しています。
内容証明もいいですが、明け渡してもらいたいなら簡易裁判所で手続きして下さい。以外と簡単ですから。