＞ の形で3つのローンを組み、支払っていますが、
＞ 離婚に伴い、夫が年金住宅ローン６回の延滞が発生
＞ しまして、保証会社へ代位弁済された場合、
＞ 共有名義（あるいは連帯関係？）なので妻の分も一緒に代位弁済されるのですか？
所有権（今回は夫婦の共有持分ですが）と被担保債権（借金）を別々に考えてはどうでしよう。
今回夫が滞納したと云いますが年金住宅ローン会社から見れば、どちらが滞納しようと滞納には変わりないので年金住宅ローン会社の残債全額が保証会社へ代位弁済されます。
代位弁済ではなく、代物弁済なら夫が滞納すれば夫の持分だけ移転登記され妻の持分は移転されません。通常ではそのような契約ではなく前記のようになっています。
＞ そうだとしたら、公庫の方も代位弁済しなければならなくなるのですか？
＞ 競売によって失うことになりますか。
公庫ローン会社と年金住宅ローン会社は別会社でしようから年金住宅ローン会社に未納があって保証会社に抵当権が移転されれば保証会社で競売申立がされるおそれはあります。その場合公庫ローン会社は一番抵当ですから優先的に配当を受けることになり年金住宅ローン会社は次順位の配当になります。と云うことは結果的に年金住宅ローン会社に滞納があれば公庫ローンとしても競売したことになります。
文面から推測しますと代位弁済と代物弁済が混同していないかと思われます。