＞ 分かりにくいかもしれませんがお願いします
＞ 当社が地主と事業用定期借地権の契約を結びました。
＞ が、事情があり地主の承諾を得て（合意書作成しました）第三者に当社が貸主として貸しました。
＞ 第三者は建物を建て、当社に賃貸しようとして、当社も借り受けようとしています。
＞ これらの契約は全て有効とされるのでしょうか？
有効です。
ただし、親亀がコケルと子亀は全部コケます。
つまり、事業用定期借地権契約が終了すれば建物所有者は取り壊ししなければなりませんし、御社はこの建物から退去しなければなりません。
御社と建物所有者との間の契約が正当であり期間内でもです。