契約は別々になります。
土地については、Ａ不動産の仲介で、Ｂ不動産と「土地売買契約」を結びます。
土地の仲介手数料はＡ不動産にお支払い頂きます。
建物の方は、Ａ不動産と「建築請負契約」を締結します。
ということで、別々になります。
この場合は、住宅金融公庫の融資は、「マイホーム新築融資」となり、土地融資分については、いろいろ条件があるので、注意が必要です。
ちなみに、Ａ不動産がＢ不動産の土地を先に購入して、ＳＮさんの希望する間取りで、設計し、建築確認がおりたあとで、契約すれば「建売住宅」となります。この場合は公庫は「建売住宅購入融資」となります。