＞借地権の設定登記を希望されています
お断りしましょう。
お断りするときのコツですが
「建物について医療法人社団（ないし賃借人）の名義で保存登記すれば、借地権の対抗要件としては十分だと考えますからお断りします」
とおっしゃってみてください。
上記の通り、建物の保存登記は借地権の対抗要件となりますから、相手からはそれ以上に借地権の土地登記乙区への登記を求める理由はないはずです。
賃借権の設定登記は実務では金銭債権の担保目的で行われるものがほとんどです。閲覧した人にあまりいい印象はもたれないかもしれませんし。