＞ @ 建物が比較的簡単に撤去できるものであれば、土地だけの担保としても問題ないでしょうか？
建物が簡単に撤去できようとそうでなかろうと、不動産登記法に従って建物として登記してあれば（又は、登記ができる建物）土地だけの担保は底地権だけの担保となり担保価値は土地建物より大幅に低額となります。
＞ A @で、撤去困難なものであれば、建物の登記をさせた上で、共同担保に取るべきか？
当然と土地建物両方の方が担保価値は上がります。
＞ B 損害保険質権設定条項を契約書に入れているのですが、結果として土地のみの担保となればこの条項を削除すべきか？
実務経験がないのでわかりませんが、質権と抵当権は同じようなものですから、質権と抵当権両方の担保はむだなようです。
＞ C 仮登記の場合、共同担保の一括申請ができない（個別にやる）と聞いたことがあるのですが、本当でしょうか？
これは全くわかりません。